Ubuntu安装医学图像处理库openslide-python和pyvips

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使用python处理svs格式的医学图像需要特定库的支持,常见的选择有openslide和pyvips.

1. 安装openslide

Ubuntu上安装openslide可以参考此处,使用

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pip install openslide-python==1.1.1

其中,使用什么版本安装可以参考Openslide官网链接.

但是安装后如果直接在Python中import openslide可能会报以下错误：

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OSError: libopenslide.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory

此时可以使用安装缺失的库文件：

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sudo apt install python-openslide

2. 安装pyvips

同样，在linux上安装pyvips时也需要分别安装库文件和接口文件:

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pip install pyvips
sudo apt install libvips